Der Bau des Benediktinerinnenklosters St. Margarete begann unmittelbar nach der Gründung der Neustadt Pag als Gedenkstätte für die ehemalige Kirche und das Kloster in der Altstadt. Die Kirche Mariä Verkündigung wurde 1483 direkt neben dem Kloster erbaut. Die Adelsfamilie Mišolić übertrug den Bau der Kapelle des Heiligen Nikolaus (später: Unsere Liebe Frau von der Barmherzigkeit) dem Baumeister Juraj Dalmatinac (Giorgio de Sebenico), der später seinen Lehrling Radmilo Alegreti mit der Aufgabe betraute. Nach der Rekonstruktion der Kirche wurde die Kapelle gründlich renoviert und in ihren ursprünglichen Zustand zurückgeführt. Damit stellt sie das wertvollste Baudenkmal aus der Zeit der Gotik-Renaissance in Pag dar.
Das Benediktinerinnenkloster galt als Adelskloster, da die Nonnen zumeist aus Adelsfamilien stammten. Neben dem Beten begannen sie im 16. Jahrhundert damit, Mädchen in den Bereichen Klöppeln und Alphabetisierung zu unterrichten; später gründeten sie eine Grundschule für Mädchen, an der ausgebildete Lehrerinnen unterrichteten und in der Klöppelei ein Spezialfach war.
Im Jahre 1875 besuchte Kaiser Franz Joseph das Kloster und die Benediktinerinnenschule in Pag. Zu Beginn des 20. Jahrhunderts wurden die Benediktinerinnen auch durch einen Besuch der Kaiserinmutter Maria Josepha geehrt. Während des Zweiten Weltkrieges wurden das Kloster und seine Suppenküche von der kroatischen Caritas und Erzbischof Alojzije Stepinac unterstützt, um die Kinder und Armen zu ernähren. Während des Heimatkrieges pflegten die Nonnen Kontakte zur italienischen und französischen Caritas sowie zu zahlreichen Freunden des Klosters in aller Welt und halfen so der verzweifelten Bevölkerung, den Vertriebenen und Flüchtlingen.
Die Nonnen bewahren den Reliquienschrein des Heiligen Dornes, der eine Reliquie der Dornenkrone enthält, die von Jesus getragen und im Jahr 1433 von Pater Tutnić aus dem Heiligen Land mitgebracht wurde, wie ein Dokument der Pager Urkundensammlung bezeugt. Dieser schönste unter den Reliquienschreinen von Pag wurde in einer Goldschmiedewerkstatt in Zadar hergestellt.
Im Benediktinerorden wird in strenger Klausur gelebt und die Nonnen verlassen das Kloster nur in besonderen Fällen mit Genehmigung ihrer Äbtissin. Die Benediktinerinnen von Pag erhielten 2008 einen Preis der Gespanschaft Zadar für die Entwicklung der spirituellen Kultur der Stadt Pag; die weithin berühmte Priorin M. Rozaria Gligora einen Preis für ihr Lebenswerk im Kulturbereich.