La chiesa di San Francesco è stata costruita nella seconda metà del XV secolo, nella parte settentrionale del centro storico della città. I lavori sulla facciata sono proseguiti fino alla metà del secondo ventennio del XVI secolo. Accanto alla chiesa si ergeva un monastero appartenente all'ordine dei Frati Minori Conventuali, soppresso nel 1785.
La costruzione del Convento benedettino di San Margherita di Pago è iniziata subito dopo la fondazione della nuova città di Pago, in memoria dell'ex chiesa e convento della Città Vecchia.