La chiesa di San Francesco è stata costruita nella seconda metà del XV secolo, nella parte settentrionale del centro storico della città. I lavori sulla facciata sono proseguiti fino alla metà del secondo ventennio del XVI secolo. Accanto alla chiesa si ergeva un monastero appartenente all'ordine dei Frati Minori Conventuali, soppresso nel 1785. All'interno della chiesa non ci sono opere d'arte significative, ma vi sono conservate le lapidi di famiglie nobili di Pago con i loro emblemi araldici e le loro iscrizioni, tra cui la lapide di Elisabetta, figlia del principe di Pago, Jerolim Bragadin. Durante l'estate culturale paghesana si svolgono concerti di musica classica nella chiesa di San Francesco, organizzati da Nina e Lovro Pogorelić. Si tratta della parte più importante e attrattiva dell'estate di Pago.